El 11 de enero de 1944, el entonces obispo de la diócesis de Córdoba, don Adolfo Pérez Muñoz, funda mediante decreto la Agrupación de Hermandades y Cofradías.
El primer dirigente del organismo cofrade iba a ser Fernando Fernández de Córdoba y Martel, cuyo cargo ostentarían también otros ilustres cofrades como Francisco de Sales Melguizo Fernández, Luis Carreto, o Rafael Salinas Martínez.
El relevante papel de la institución cofrade se iba a ver plasmado desde sus inicios. Así pues, desde 1945 se va a ocupar de la organización en cuanto a recorrido oficial de la Semana Santa cordobesa se refiere. A su vez, ese mismo año se va a instaurar el pregón de Semana Santa, pronunciado por Federico García Sanchíz, al que proseguirían nombres tan relevantes como los de José María Pemán, Francisco Montero Galvache, Matías Prats Cañete o Pablo García Baena. Desde su fundación hasta la primera mitad de la década de los 50, van a ver la luz otra serie de iniciativas como lo serían la «fiesta de la saeta» o la publicación de la revista «Semana Santa», dirigida por el inolvidable José Luis de Córdoba. Además, el ente cofradiero promueve el concurso de altares domésticos; se apuesta por promover el cartel anunciador de la Semana Santa; así como, en 1950 se pone en marcha un concurso fotográfico sobre Imágenes y procesiones de Semana Santa.
Muestra de esa incipiente vitalidad queda manifestada en la inauguración (1949) de la primera sede en la conocida calle dedicada a San Álvaro. Desde finales de los años cincuenta hasta mediados de los 70, se produce un cierto período de impás, durante el cual se va asentando la institución.
La llegada como presidente de Rafael Zafra coincidirá con una etapa de dinamismo cofrade, con la incorporación de la juventud de manera decisiva en las Juntas de Gobierno de las hermandades y de la propia Agrupación. De este modo, la Agrupación de Hermandades y Cofradías va a dotarse de un nuevo impulso que va a durar hasta la época contemporánea. Fruto del mismo, van a surgir numerosas iniciativas de carácter religioso y cultural por parte del órgano ejecutivo de las hermandades. De esta forma, las primeras se van a ver realizadas en actos tan significativos como los de nombrar patrón de la Agrupación de Hermandades y Cofradías a San Álvaro de Córdoba y, posteriormente, en 1987, a Nuestra Señora de la Fuensanta; así como, la Erección Canónica de dicha Agrupación por decreto del obispo de la diócesis, don José Antonio Infantes Florido (1992).
50 Aniversario
Especial mención caben los actos realizados con motivo del 50 Aniversario de la institución, en 1994, con exposiciones, conferencias, la publicación de «Agrupación de Cofradías, 50 años de historia», que tuvieron el inolvidable colofón, ese mismo año de 1994, en la Coronación Canónica de Nuestra Señora de la Fuensanta.
En orden patrimonial, en 1982 el organismo cambia de sede, trasladándose a la calle Isaac Peral, donde aún se encuentra, en un local cedido desinteresadamente por el Monte de Piedad y Caja de Ahorros de Córdoba, BBK Cajasur.
Las instituciones y organismos de la ciudad se van a hacer eco de la vitalidad del movimiento cofrade, hasta el punto de que, el 24 de octubre –festividad de San Rafael– de 1994, el Ayuntamiento de Córdoba, por decisión unánime, concede la Medalla de Oro de la Ciudad a la Agrupación de Hermandades y Cofradías. Y un año después, la conocida plaza de Benavente va a ver transformado su nombre por el de plaza de la Agrupación de Cofradías.
Actividades Culturales
Entre las actividades culturales, cabe destacar la celebración de ciclos de conferencias relacionadas la Semana Santa; el concurso de fotografías, la concesión del título de Cofrade Ejemplar, otorgado a nombres tan ilustres como Fernando Fernández de Córdoba y Martel, Francisco Melguizo, Juan Martínez Cerrillo, Antonio Gómez Aguilar, Miguel Castillejo, etc.; el Pregón de Semana Santa con disertadores como José Mº Pemán, Montero Galvache, Pedro Palop, Padre Cué, Matías Prats, Miguel Salcedo, o Pablo García Baena, las Exaltaciones de la Saeta y de San Álvaro; el Pregón de la Juventud y el Eucarístico; la celebración de conciertos de bandas de música, con las actuaciones de «Soria 9» bajo la batuta del insigne compositor, Abel Moreno, así como certámenes; diversas publicaciones como «Semana Santa en Córdoba», «Córdoba: Tiempo de Pasión» o la revista «Córdoba Cofrade», órgano oficial de la Agrupación, así como ediciones monográficas acerca de la Semana Santa de Córdoba, exposiciones como «La Pasión de la Virgen» en la Santa Iglesia Catedral.